בהתאם להוראות מס הכנסה תשלום מס במקור בגין רווחי הון צריך להיות מוסדר באופן שוטף.
תשלום המס מועבר לרשויות המס אחת לחודש בגין רווחי חודש קודם באמצעות הבנק שבו מתנהל החשבון. הרווחים עבורם יש לשלם מס הם הרווחים נטו כלומר: רווחים בניכוי הפסדים. כל עוד הרווחים באים לאחר הפסדים יכול הבנק לקזז את ההפסד שנצבר ומהרווח נטו להעביר תשלום מס למס הכנסה. מרגע שהועבר תשלום המס למס הכנסה אין הבנק יכול, בהתאם להוראות,להחזירו למשלם גם אם לאחר מכן נרשמו הפסדים ויתברר שהמשקיע לא היה צריך לשלם מס כלל.
כך יוצא שמשקיעים שספגו הפסדים אחרי שרשמו רווחים לא יקבלו ,מסיבות טכניות, את המס שהועבר קודם לכן ע"י הבנק באופן אוטומטי אולם הם זכאים לקבל החזרי מס .
כדי לקבל את ההחזר על המשקיע לדאוג להגשת דו"ח שנתי למס הכנסה ובו פרוט הרווחים וההפסדים בגין שנת המס ואם יש הפסד נוסף משנים קודמות גם אותו יש לקזז משום שהבנק אינו רשאי לקזז גם הפסדים משנים קודמות.
תשלום המס יתבצע כאמור רק בגין רווחים נטו והמס העודף ששולם יוחזר בתוספת ריבית והצמדה.(החל מ- 1.1.2012 רשאי הבנק לקזז הפסדים בשנה השוטפת גם אם נוצרו אחרי רווחים באותה שנה. אולם עדיין לא ניתן לקזז הפסדים בגין שנים קודמות או לקזז הפסדים מחשבונות אחרים שבהם מנוהלת פעילות נוספת בשוק ההון).
דרך נוספת לצמצם הפסדים באמצעות מס הכנסה היא מימוש רווחים.
הפסד או רווח נרשמים לצורך מס הכנסה רק בעת המימוש. עליות או ירידות שערים "על הנייר" אינן מוכרות לצורך מס. הפסדים בפועל יכולים להתקזז כנגד רווחים בפועל .מי שצבר לרשותו הפסדים בפועל ובשלב זה לרשותו רווחים לא ממומשים מניירות ערך אחרים, טוב יעשה אם ישקול מכירה וקניה בו ביום באותו שער (כמובן בהתחשב בעמלות הכרוכות בכך). הרכב תיק ההשקעות לא ישתנה אולם פעולה זו תאפשר לו לקזז את ההפסד ולשלם מס מופחת בגין הרווח שמימש.
בנוסף: משנת 2008 ניתן לקזז הפסדים כנגד כל רווח הון כולל : ריבית ודיבידנד, רווח הון מהקצאת מניות ע"י מעסיק , בין אם המס בגין ההקצאה שולם על ידי המעסיק או באמצעות נאמן וכן כנגד שבח מקרקעין.כך שגם אם תיק ההשקעות בבורסה ספג הפסד אין צורך להמתין לרווחים בבורסה .ניתן לקזז הפסדים בבורסה גם כנגד רווחים שאינם נובעים ישירות מהשקעה בבורסה ולקבל החזרי מס .