בהתאם להוראות מס הכנסה תשלום מס במקור בגין רווחי הון מועבר לרשויות המס אחת לחודש בגין רווחים חודש קודם באמצעות הבנק שבו מתנהל החשבון.
הרווחים עבורם יש לשלם מס הם הרווחים נטו כלומר: רווחים בניכוי הפסדים. כל עוד הרווחים באים לאחר הפסדים יכול הבנק לקזז את ההפסד שנצבר ומהרווח נטו להעביר תשלום מס למס הכנסה.
מרגע שהועבר תשלום המס למס הכנסה אין הבנק יכול ,בהתאם להוראות, להחזירו למשלם גם אם לאחר מכן נרשמו הפסדים ויתברר שהמשקיע לא היה צריך לשלם מס כלל.
כך יוצא שמשקיע שהרוויח ואחר כך הפסיד ,על אף שהוא זכאי לקיזוז ההפסד לא יוכל לקבל החזר מס מסיבות טכניות.
(החל מיום- 1.1.2012 רשאי הבנק לקזז הפסדים בשנה השוטפת גם אם נוצרו אחרי רווחים באותה שנה.
אולם עדיין לא ניתן לקזז הפסדים בגין שנים קודמות או הפסדים מחשבונות נוספים שבהם מנוהלת פעילות נוספת בשוק ההון).
כדי לקבל את החזר המס יש להגיש דו"ח שנתי למס הכנסה ובו פרוט הרווחים וההפסדים בגין שנת המס.
אם יש הפסד נוסף משנים קודמות גם אותו יש לקזז משום שהבנק אינו רשאי לקזז גם הפסדים משנים קודמות. תשלום המס יתבצע כאמור רק בגין רווחים נטו והמס העודף ששולם יוחזר בתוספת ריבית והצמדה.
החל משנת 2008 הפסדים מניירות ערך ניתן לקזז כנגד כל רווח הון כולל : ריבית ודיבידנד, רווח הון מהקצאת מניות וכן כנגד שבח מקרקעין.
כדי לקבל החזר מס מירבי חשוב להקפיד על סדר הקיזוז. משעור המס הגבוה ומטה, בכפוף להוראות החוק.
פקדונות
לכאורה ,מס על פקדונות הוא מס סופי משום שאינו בר קיזוז אולם יש סיבות אחרות בזכותן ניתן לקבל החזרי מס גם על פקדונות.
ראשית – מי שהכנסתו אינה ממצה את מלוא נקודות הזיכוי יוכל לנצל אותן דרך הכנסתו מפקדונות. שנית – הטבות מס על הפקדות לקופות גמל ניתנות כפונקציה של הכנסות משכר עבודה וכן הכנסות שאינן מעבודה כמו הכנסות מרווחי הון.
עודפי הפקדות לקופות גמל שעברו את תקרת ההטבה המזכה מהכנסות מעבודה ניתן לנצל באמצעות הכנסות מרווחי הון.